完成了！

二零零六年八月二十九日，對於以四膜蟲Tetrahymena thermophila為模式生物的研究者而言，是一個里程碑。在這一天，對四膜蟲大核基因體解讀與分析的報告正式發表在期刊PLoS Biology上 [Eisen et al. (2006). PLoS Biol. 4(9): e286]，也宣告四膜蟲基因體計畫目標的初步達成。

我在讀博士班的這幾年之間，剛好也是生物科學研究邁入所謂的基因體時代(genomic era)。用纖毛蟲當材料的研究人員們也體認到解讀基因體將變成一件基礎而必要的工作。歐洲以法國為首的幾個研究群著手破解草履蟲(Paramecium)，而北美洲的研究者則由加州大學聖塔芭芭拉校區的遺傳學老教授Ed Orias出面主導，來解讀四膜蟲的基因體。

這幾年來，有機會見證四膜蟲基因體定序計畫，曾經陸續寫過幾篇有關四膜蟲基因體定序計畫的進展與經過，如今報告正式發表，終於有個初步圓滿的句點。下面就是這幾年來這一連串經過的連結彙整：

08/2001: 纖毛蟲分子生物學年會之三：基因組計劃
進行基因組定序計劃的正式討論，大家知道再不著手就來不及了。但是說歸說，到底要怎麼做呢？

12/2001: 基因體時代來臨，纖毛蟲躍上擂台？
要經費，首先得在期刊上宣傳打知名度，讓人們知道這件事很重要。

05/2002: 入圍的是...
遊說美國國家衛生研究院，讓四膜蟲基因體定序的重要性獲得肯定。可是口頭的肯定是一回事，還是要有人實際去做才行。

11/2003: 走入基因體時代
當選定TIGR為定序的單位，拿到國家衛生研究院與國家科學基金會(National Sciece Foundation)的聯邦經費支援，出乎意料之外，實際的測序工作竟然一下子就完成了！

9/2006
然後經過三年左右漫長的分析討論，終於完成這篇多達五十幾位聯名作者的論文，正式發表。


附帶一提，解讀四膜蟲大核基因體的論文是發表在PLoS Biology這本「公開取閱」(Open Access)的期刊。”Open access”是近年來有不少學術界人士極力推廣的一種發表著作的型態，期刊主要以電子檔案形式發行而不以傳統紙版付印，所有的讀者都可以免費在網路上閱讀報告全文，自由下載，不需要付昂貴的費用訂購期刊。PLoS 系列更是由一些重量級的學界人士出面組織與背書，目標就是要創辦一本經過同儕審閱，具有權威公正性的學術刊物，以推廣這個公開取閱的概念。

這篇論文的領銜作者，也是領導進行四膜蟲大核基因體計畫的主持人J. Eisen不久前自馬里蘭州的TIGR搬到加州大學戴維斯校區當教授，他還有個自己的部落格，其中也提到這個定序計畫與發表這篇論文的一些感想。有興趣的讀者不妨前去看看。

Eisen的部落格網址是：http://phylogenomics.blogspot.com

Photo is from: Robinson R (2006) Ciliate Genome Sequence Reveals Unique Features of a Model Eukaryote. PLoS Biol 4(9): e304. Orginal image from Rupal Thazhath and Jacek Gaertig at Department of Cellular Biology, University of Georgia.