2001/5/27

解讀人類基因組的人(二):他在做什麼,我又在做什麼?

Dr. J. Craig Venter在演講中談到了近三十年來研究與事業的轉折,我也不禁在想,在當時我在做什麼呢?

1972年他自UC San Diego拿到博士學位,最初任教於SUNY Buffalo,後來進入NIH工作一直到1992年離開創設The Institute for Genome Research (TIGR)為止。

(嗯,他拿到學位,我出生了。)


他說他早年接受的訓練是當一個生化學家,因此專注在神經元上神經傳導物質受體(neurotransmitter receptor)的分離與純化,後來他明白分子生物學的方法是大勢所趨,因此開始選殖受體的cDNA。結果在八○年代早期,他的研究群用傳統方法,利用放射性同位素標記進行反應,電泳跑膠,底片曝光後一個鹽基一個鹽基讀片子,定出了第一個自腦細胞選殖出的受體cDNA序列,花了他將近兩年的時間。不過,這也是他唯一一個利用傳統方法定序的cDNA。1982年,當他注意到有人發表了一種四色螢光標記用雷射判讀並可以自動化測定DNA序列的報告,立刻就跟那個研究群接觸,他的實驗室成為世界上最早試用DNA自動定序儀器原型機的幾個團隊之一。

(Venter開始自動基因定序時,我變成了國中生。生活就是小考週考段考模擬考,當然最後還是為了聯考。)
(1993年,我讀大三,暑假開始到實驗室學著做研究,學會了如何利用傳統方法人工測定DNA序列,距離Venter開始試用DNA自動定序儀已經十年。)

後來,他覺得一個一個去選殖基因實在是太慢了,而且無法一窺某個狀態下的基因活動全貌,應該要有一個比較全面的方法來快速探討,所以提出了EST (expression sequence tag)的概念,對cDNA基因庫進行大規模的隨機測序。前人都是針對某個基因,設法把完整cDNA的序列定出來,但是Venter卻反其道而行,他不去定出某一個特定單一cDNA的完整序列,而只是去決定cDNA的兩端中某一端的部分序列,但是對象是任意挑取的許多許多基因庫中的基因,所以很快地就可以對某個生理狀況或細胞類型中所活動的基因做個快速的掃描,而且可以發現新的基因。Venter說,後來有一個研究果蠅的神經生物學告訴他,其實他也曾向 NIH提出相同的構想來申請研究經費,但是審查者卻把他的研究計劃退回了,加注意見說是不切實際、不可行。諷刺的是,這位神經生物學家收到研究計劃退件的當天,正是Venter在1991年把關於EST的論文發表在《科學》(Science)上的同一日。

(1993到94年之間,當時我跟著實驗室裡的老師與學長,也把一個鯉魚卵巢cDNA基因庫的所有基因進行了一端的部分定序,所有的資料就存在電腦的硬碟裡,除了挖出幾個基因變成學長與我後來碩士論文的題目,這些資料就靜靜躺在磁粉的排列中。四年後,當我服完兵役重回校園,第一次留意到EST這個新名詞,才猛然驚覺原來我們做的就是利用這種EST的概念。但是,直到今天,在生物資訊學喊得震天價響的網路時代,我們那堆EST還是暗自藏在硬碟中,跟著老師退休了。)

然後,當大家嘔心泣血在實驗室裡一段一段去mapping的時候,當公家經費不願撥給太冒險新奇的主意時,Venter遊說了一大票投資人,找了一群電腦程式設計師與數學家,開始嚐試把一種新的定序策略付諸實現。

何謂開創?何謂領先?何謂落差?何謂邊陲?我彷彿有了新的領悟。

2 個意見:

Anonymous carrie 提到...

板大您好:
目前小女子也正在分生領域遭受研究生非人的荼毒....歐..不..是研究生過人的體能與耐力...因為要seminar正被paper襲擊的七葷八素的...拜讀完你詼諧的文章~似乎蓄積不少電量XD

2009/11/2 下午8:13  
Blogger 纖毛蟲 提到...

Carrie:
謝謝,加油.

2009/11/15 上午2:21  

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